Hyvää Suomesta -merkkiä käyttävät jäsenyritykset auditoidaan riskiperusteisesti 3 - 4 vuoden välein. Tarveharkintaisesti auditointi voidaan tehdä myös aiemmin tai korkeintaan vuotta myöhemmin.

Tarkastukset suorittaa vuosittain 6-8 auditoinnin ammattilaista. 

Tarkastusten yhteydessä yritysten on todennettava Hyvää Suomesta –merkittyjen tuotteiden kotimaisten ainesosien alkuperä. Maininta on löydyttävä ostoasiakirjoista, omavalvonta-aineistosta tai muusta aineistosta kirjallisena. Tässä noudatetaan elintarvikelain säädöksiä: yrityksen on pystyttävä jäljittämään ostamansa tuotteet yhden askeleen taaksepäin. Huomioitava on, että pelkkä raaka-ainetoimittajan nimi ei riitä, vaan todistus myydyn tuotteen suomalaisesta alkuperästä tarvitaan. Muiden kuin kotimaisten raaka-aineiden alkuperää ei tarkisteta. Pääasiallisesti tehdään myös tarkastuskäynti varastoissa ja tehtaissa.

Hyvää Suomesta -tuotteiden kotimaisuusaste lasketaan reseptistä. Siksi myös reseptit tarkistetaan ja varmistetaan, että kotimaisuusaste on laskettu oikein ja täyttää merkin kriteerit.

Lisäksi tarkistetaan pakkausmerkinnät ja tuoterekisterin ajantasaisuus.

Auditointikuluista veloitetaan pieniltä yrityksiltä 200 €/ auditointi (jäsenmaksu alle 5000 €) ja tätä suuremmilta yrityksiltä 600 €. Jos yritys peruu auditointikäynnin alle 24 h ennen sovittua auditointiaikaa, Ruokatiedolla on oikeus veloittaa auditointimaksu kokonaisuudessaan lisättynä toteutuneilla matkakuluilla.