Hyvää Suomesta -merkkiä käyttävät jäsenyritykset auditoidaan noin kolmen vuoden välein. Tarvittaessa auditointi voidaan tehdä myös ennen kuin edellisestä auditoinnista on kulunut kolme vuotta.

Valvontaa suorittaa vuosittain noin 8 auditoinnin ammattilaista. 

Valvontakäynnin yhteydessä yritysten on todennettava Hyvää Suomesta –merkittyjen tuotteiden kotimaisten ainesosien alkuperä. Maininta on löydyttävä ostoasiakirjoista, omavalvonta-aineistosta tai muusta aineistosta kirjallisena. Tässä noudatetaan elintarvikelain säädöksiä: yrityksen on pystyttävä jäljittämään ostamansa tuotteet yhden askeleen taaksepäin. Huomioitava on, että pelkkä raaka-ainetoimittajan nimi ei riitä, vaan todistus myydyn tuotteen suomalaisesta alkuperästä tarvitaan. Muiden kuin kotimaisten raaka-aineiden alkuperää ei tarkisteta Hyvää Suomesta –merkin auditoinneissa. Pääasiallisesti tehdään myös tarkastuskäynti varastoissa ja tehtaissa.

Hyvää Suomesta -tuotteiden kotimaisuusaste lasketaan reseptistä. Siksi myös reseptit tarkistetaan ja varmistetaan, että kotimaisuusaste on laskettu oikein ja täyttää merkin kriteerit.

Lisäksi auditointikäynnillä tarkistetaan pakkausmerkinnät ja tuoterekisterin ajantasaisuus.

Auditointikuluista veloitetaan pieniltä yrityksiltä 200 €/ auditointi (jäsenmaksu alle 5000 €) ja tätä suuremmilta yrityksiltä 600 €. Jos yritys peruu auditointikäynnin alle 24h sovitusta auditointiajasta, on Ruokatiedolla oikeus veloittaa yritykseltä auditointimaksu 700 €.

Vielä vuonna 2017 liittyneet jäsenet saavat ensimmäisen auditointikäynnin veloituksetta. Vuoden 2018 alusta lähtien uudet jäsenet maksavat auditoinnista ensimmäisestä kerrasta alkaen.